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La biología, la astronomía, la física, la cosmología y otras ciencias muestran argumentos creíbles para un diseño inteligente. Aquí hay algunas de las mejores pruebas.
En biología, William Dembski estableció el "filtro explicativo" que determina si un fenómeno muestra evidencia de diseño a través de una serie de tres preguntas de sí y no. Los fenómenos que muestran evidencia de diseño inteligente son contingentes, complejos y muestran un patrón independientemente especificado. Aquellos fenómenos que muestran un diseño inteligente, basado en el filtro explicativo, no son regularidades resultantes de las leyes de la naturaleza o el resultado del azar. Dembski argumenta que la cualidad más importante de un sistema diseñado de manera inteligente es su patrón independientemente especificado.
También en biología es el descubrimiento de secuencias altamente complejas y no repetitivas que tienen propósitos funcionales o comunicativos específicos codificados en su información digital. Estos son inherentes a las células vivas. La programación tipo computadora (basada en la investigación de Dawkins) en el ADN y otras biomoléculas muestra pensamiento, intención e inteligencia inherentes al diseño.
En física, el ajuste fino cósmico muestra que las constantes físicas y las leyes físicas que permiten que nuestro universo funcione están equilibradas en variaciones con una precisión tan alta que la aparición de vida compleja es casi imposible de comprender. La precisión de la física que permite que la vida continúe ha persuadido incluso a los científicos agnósticos a concluir que debe haber un propósito trascendente para la vida y el cosmos.
"Una interpretación de sentido común de los hechos sugiere que un súper intelecto ha estado “jugando” con la física, así como con la química y la biología, y que no hay fuerzas ciegas que tengan nada que decir en la naturaleza. Los números que uno extrae de los hechos me parecen tan abrumadores como para situar esta conclusión casi fuera de toda duda", escribió el astrofísico británico Fred Hoyle.
Un ejemplo muestra que si el universo se expandiera más rápido que una parte en 1055, la formación de estrellas, planetas y galaxias sería imposible. Si fuera más lento, el universo colapsaría. Esto, como otros ejemplos en física y la naturaleza, es tan preciso y funciona junto con otra física extremadamente precisa que lleva a personas razonables a concluir un diseño inteligente.
Otro ejemplo muestra que si la relación entre la fuerza electromagnética y la de la gravedad aumentara en una parte en 1040, las estrellas se expandirían hasta un 40 por ciento más que nuestro sol, arderían más y más rápido, y no permitirían la vida tal como la conocemos. Si disminuyera ligeramente, las estrellas, incluido nuestro sol, no serían capaces de producir los elementos pesados necesarios para mantener la vida.
En cosmología, la creencia casi universal entre los científicos ahora incluye la idea de que el cosmos tiene un comienzo definitivo. Además, el argumento de Kalam incluye las ideas de que todo lo que comienza tiene una causa aparte de sí mismo y que el universo realmente comenzó a existir. Por lo tanto, el universo tiene una causa aparte de sí mismo. Esto nos lleva a concluir que algo que no fue causado existió antes de todas las cosas que fueron causadas. Este algo debe existir fuera del espacio, la materia y el tiempo.
Muchos científicos y filósofos (y, por supuesto, teólogos) han concluido que el universo fue creado por algo fuera de sí mismo: un diseñador inteligente.